荧光染料 Ex/Em 波长总表（含亮度与光稳定性）
2026-10-17 · 专业著作 · 百灵威授权转载
Ex/Em 是两个峰，不是一个点。激发峰告诉你哪条激光或哪个滤光片能把染料点亮，发射峰告诉你信号会落在哪个检测通道；两者之间的斯托克斯位移越大，激发光和发射光越容易分开，滤光片配置也越从容。不同光谱区间的染料，往往共用一套滤光片，脾气却差别很大。这里的波长一律取通行近似值，具体以厂商光谱和显微镜、流式的滤光片配置为准。
一、先读懂 Ex/Em 与通道
染料的激发峰和发射峰都是宽包，滤光片只要覆盖住包的一部分就能用，峰值对齐只是最优解。实际选型时，先看仪器有什么激光线和滤光片，再看染料的发射峰是否落在对应通道内、与相邻通道的重叠是否可控。串色补偿解决的是重叠，不是峰位，所以不要指望用补偿去救一个本来就放错通道的染料。另一个常被忽略的是亮度与光稳定性：同一光谱位置的染料，实际信号可能差出一大截，这决定了你能不能把曝光压短、把采集时间拉长。
二、紫外到蓝光区：核染与经典绿色
DAPI 和 Hoechst 系列在紫外激发，发射落在蓝区（约 350/460 nm），适合核定位和细胞计数，亮度中等、光稳定性一般，长时间照射会明显衰减，通常放到最后再看。Cascade Blue 一类把激发推到近紫外到蓝区（约 400/420 nm），适合多色方案里补一个蓝通道。绿色区最经典的是 FITC 与 Alexa Fluor 488，激发约 495 nm、发射约 519 nm，用 488 激光和 FITC/GFP 滤光片都能读；前者便宜但对 pH 敏感、光稳定性偏弱，后者在亮度和抗淬灭上通常更从容。
三、绿光到黄光区：TRITC、Cy3、PE 与串联染料
TRITC 和 Cy3 的激发在 550 nm 附近、发射约 570 nm，走 TRITC/Cy3 通道；PE 是藻胆蛋白，激发带很宽、发射约 578 nm，单分子亮度通常很高，流式里很受欢迎，但对光漂白和固定条件更敏感。串联染料（如 PE-Cy5、PerCP-Cy5.5）把供体和受体串起来，用蓝光激发、在远红通道读，好处是省一条激光线，代价是受体脱落或供体淬灭会让信号漂移，批次之间要留意。这一段的染料亮度普遍不差，光稳定性则参差，PE 和串联染料都不适合长时间强光照射。
四、红光到近红外：Cy5、Alexa 647 与远红优势
Cy5 和 Alexa Fluor 647 的激发在 650 nm 附近、发射约 668 nm，走 Cy5/APC 通道；Alexa Fluor 680、750 一类把发射推到远红和近红外，组织自发荧光低、穿透更深，适合厚样品和活体成像。但远红区的检测效率、探测器灵敏度和染料亮度通常不如可见区，信号弱的时候要权衡。红光区染料的光稳定性普遍好于紫外和蓝区，这是长时间活细胞成像偏爱远红的原因之一。配通道时记得核对激光线和滤光片是否真的覆盖发射峰，而不是只看染料名字。
五、小结
一句话：先看仪器通道，再看 Ex/Em；峰值对齐是加分项，不是及格线。 记住：紫外区亮但易漂白，绿区经典但怕 pH，远红自发荧光低但信号弱；串联染料要盯批次，波长以厂商光谱和滤光片为准。
一、先读懂 Ex/Em 与通道
染料的激发峰和发射峰都是宽包，滤光片只要覆盖住包的一部分就能用，峰值对齐只是最优解。实际选型时，先看仪器有什么激光线和滤光片，再看染料的发射峰是否落在对应通道内、与相邻通道的重叠是否可控。串色补偿解决的是重叠，不是峰位，所以不要指望用补偿去救一个本来就放错通道的染料。另一个常被忽略的是亮度与光稳定性：同一光谱位置的染料，实际信号可能差出一大截，这决定了你能不能把曝光压短、把采集时间拉长。
二、紫外到蓝光区：核染与经典绿色
DAPI 和 Hoechst 系列在紫外激发，发射落在蓝区（约 350/460 nm），适合核定位和细胞计数，亮度中等、光稳定性一般，长时间照射会明显衰减，通常放到最后再看。Cascade Blue 一类把激发推到近紫外到蓝区（约 400/420 nm），适合多色方案里补一个蓝通道。绿色区最经典的是 FITC 与 Alexa Fluor 488，激发约 495 nm、发射约 519 nm，用 488 激光和 FITC/GFP 滤光片都能读；前者便宜但对 pH 敏感、光稳定性偏弱，后者在亮度和抗淬灭上通常更从容。
三、绿光到黄光区：TRITC、Cy3、PE 与串联染料
TRITC 和 Cy3 的激发在 550 nm 附近、发射约 570 nm，走 TRITC/Cy3 通道；PE 是藻胆蛋白，激发带很宽、发射约 578 nm，单分子亮度通常很高，流式里很受欢迎，但对光漂白和固定条件更敏感。串联染料（如 PE-Cy5、PerCP-Cy5.5）把供体和受体串起来，用蓝光激发、在远红通道读，好处是省一条激光线，代价是受体脱落或供体淬灭会让信号漂移，批次之间要留意。这一段的染料亮度普遍不差，光稳定性则参差，PE 和串联染料都不适合长时间强光照射。
四、红光到近红外：Cy5、Alexa 647 与远红优势
Cy5 和 Alexa Fluor 647 的激发在 650 nm 附近、发射约 668 nm，走 Cy5/APC 通道；Alexa Fluor 680、750 一类把发射推到远红和近红外，组织自发荧光低、穿透更深，适合厚样品和活体成像。但远红区的检测效率、探测器灵敏度和染料亮度通常不如可见区，信号弱的时候要权衡。红光区染料的光稳定性普遍好于紫外和蓝区，这是长时间活细胞成像偏爱远红的原因之一。配通道时记得核对激光线和滤光片是否真的覆盖发射峰，而不是只看染料名字。
五、小结
一句话：先看仪器通道，再看 Ex/Em；峰值对齐是加分项，不是及格线。 记住：紫外区亮但易漂白，绿区经典但怕 pH，远红自发荧光低但信号弱；串联染料要盯批次，波长以厂商光谱和滤光片为准。
